Há, basicamente, duas formas de gerenciar as ofertas missionárias. Em um dos modelos, o missionário tem o respaldo de uma organização missionária para mobilizar parceiros e recursos para seu projeto, mas sem garantias de sustento total por parte da organização. Neste modelo, se o missionário não consegue mobilizar 100% do que precisa para seu projeto, ele recebe apenas o que mobilizou.

No segundo modelo, que é o adotado pela Junta de Missões Nacionais, os missionários têm garantias de recebimento de seu sustento e demais benefícios, pois todas as ofertas recebidas pela organização são gerenciadas de forma centralizada, de modo a usar todas as suas fontes de receita para isso.

Seguindo este modelo, em Missões Nacionais todos os missionários têm assegurado que receberão sua prebenda, aluguel para moradia e para o projeto, INSS integral, plano de saúde e odontológico com coberturas em todo o Brasil, mais seguro de vida e ressarcimento de despesas operacionais.

Para assegurar esses benefícios, todos os missionários mobilizam parceiros através do PAM (Parcerias na Ação Missionária), tanto entre igrejas como com pessoas físicas, e as igrejas participam da Campanha Anual de Mobilização. PAM e Campanha são as principais fontes de recursos de Missões Nacionais, conforme gráfico ao lado.